Родился 23 марта 1934 г. в Ленинграде. Его отец работал помощником мастера на ткацкой фабрике, мать — в аптеке.
В апреле 1942 г. мать умерла, отец был на фронте, и Женю эвакуировали из блокадного Ленинграда в Ярославскую область, где он воспитывался в детском доме. В сентябре 1945 г. отец снова забрал мальчика в Ленинград.
В 1957 году с отличием окончил Ленинградский инженерно-строительный институт по специальности “Городское строительство и хозяйство”.
Работал инженером-проектировщиком в строительных организациях Ленинграда (ГСПИ-1, Ленпроект, Ленинградское отделение Художественного фонда и другие).
В середине 80-х годов ушел на профессиональную сцену. Выступал от Ленконцерта и Росконцерта.
Летом 1957 г. участвовал в VI-м Всемирном фестивале молодежи и студентов в Москве.
В октябре 1961 г. он написал свою первую песню «Туман» на стихи К.Кузьминского. С этого момента начинается карьера Клячкина как барда. Подобно большинству своих сверстников-бардов, Клячкин играл на семиструнной гитаре.
Поначалу он сочинял песни на стихи других поэтов (И.Бродского, К.Кузьминского, А.Вознесенского, Г.Горбовского и др.), затем у него стало появляться все больше песен на собственные стихи. Многие в СССР именно через песни Клячкина познакомились с поэзией Иосифа Бродского, для которого в 1960-х были закрыты все официальные каналы для публикации. Песни Клячкина «Пилигримы», «Рождественский романс», «Ни страны, ни погоста…», стихи и з поэмы «Шествие», романсы Мышкина, Арлекина, Коломбины, черта и других персонажей поэмы Бродского «Шествие» до сих пор остаются признанными вершинами авторской песни.
В 1963 – 1964 годах посещал семинар по работе с самодеятельными композиторами при Ленинградском отделении Союза композиторов СССР.
Лауреат 1-го и 2-го ленинградских конкурсов самодеятельной песни (в 1965 и 1967 г.), конкурса туристской песни I-го Всесоюзного слета победителей походов по местам военный славы в Бресте в 1965 г., II-го Всесоюзного конкурса на лучшую туристскую песню в Москве в 1969 г. только Евгением Клячкиным написано более 300 песен, из которых под 70 – на чужие стихи.
В апреле 1990 г. Евгений Клячкин с семьей эмигрировал в Израиль. Работал по специальности, выступал с концертами, был на гастролях в США. На свое 60-летие в марте 1994 г. приехал в Россию, дал сколько-нибудь концертов в Москве, Санкт-Петербурге и Туле.
Клячкин – мастер как шуточной, “легкой”, так и серьезной, трагической песни. Он никогда не забывал о своем военном детстве и о людях, отдававших ему последние силы. Им, незаметным героям, благодаря которым мир выжил, он посвятил песни.
Композиторский и исполнительский таланты сделали его одним из наиболее популярных бардов своего времени, а время его продолжалось с дебютных шагов в начале 60-х годов – до 1994 г.
Евгений Исаакович Клячкин умер во время купания в Средиземном море 30 июля 1994 г. — у него остановилось сердце.
Песенное наследие Клячкина включает более 300 произведений, около 70 из них написаны на стихи различных российских авторов.